Bölgedeki beş ayakkabı mağazasının sahibi olan Daniel J. Wellehan kendi fabrikasını açmaya karar verdi. William Beaudoin ve Joseph Cordeau adlı iki yerel ayakkabı imalatçısıyla partner oldu ve Sebago-Moc doğdu.
Yerli Abenaki dilinde "uzun şekilli su havsazı" anlamına gelen isim, civardaki Sebago Gölü'nden ilham alınarak konuldu. Markanın ilk makoseni, yerel geleneklere uygun olarak dikilen "penny loafer" aynı yıl içinde tasarlandı ve markanın en çok satan modellerinden biri haline geldi.
İlk tekne ayakkabısı 1948 yılında piyasaya sunuldu; fakat patenti Uniroyal'a satıldı. 1950 yılında Sebago-Moc'un cirosu 1 milyon dolara ulaştı ve 1952 yılında günlük üretim 2.000 çift ayakkabıya ulaştı. Böylece yeni bir fabrika kuruldu. Girişimci Francisco Gaudier ile yapılan ortaklık sayesinde şirket 1965 yılında Avrupa'da satış yapmaya başladı. 1963 yılında kadın ayakkabısı üretimine başlandı; 1970 yılında ise markanın en çok satanlarından biri olan Docksides® dizaynı piyasaya sürüldü. Bu vesileyle şirketin ismi Sebago® olarak değiştirildi. 1978 yılında tutkulu bir denizci olan CNN kurucusu Ted Turner markanın reklam yüzü olmayı kabul etti.
1981 yılında Campsides® koleksiyonu piyasaya sürüldü. 1984 yılında Sebago®, O-Star yarışında bir tekneye sponsor olan ilk Amerikan şirketi oldu. Daha sonrasında ise Celebrity Regatta, Liberty Cup, Americas Cup ve Louis Vuitton Cup 96/97'deki Young America takımı da dahil olmak üzere yelkencilik dünyasında daha önemli sponsorluk anlaşmaları yapıldı.
Su geçirmez Drysides® ayakkabı koleksiyonu 1994 sonbaharında piyasaya sürüldü. 2003 yılında Sebago®, ABD şirketi Wolverine World Wide Inc. tarafından satın alındı.
